В некоторых случаях система, ОЗУ, кэш - не при делах. Стоит проверить диск, на который качаете на предмет "здоровья". Данное сообщение может появляться не только, от того, что забивается память (это симптом, но не всегда первопричина), но и от того, что диск просто не справляется с нагрузкой. Как следствие, скачанные куски забивают память (клиент не в курсе, что у диска проблемы, клиент все складирует до момента критической ошибки).
Как пример, возьмите медленную флешку по УСБ 2.0 и попробуйте на нее покачать - гарантирвоанное "диск перегружен 100%" при скоростях выше 12-15МБ/с (если совсем уставшая, то и на более низких) и это точно не от того что "кэш-память забита 100%". Достигается файлом в 1Гб.
Можно покопировать на диск с другого накопителя, если есть такая возможность, чтобы посмотреть примерную устойчивую скорость записи. Если эта скорость низкая, либо возникают явные "затыки" при копировании, то железке пора на стенку под гвоздь(шутка, но стоит заняться вопросом лечения/бэкапа). Если симптомы подтверждаются, то начинать можно с скана поверхности (Victoria, MHDD), но на больших винтах это занимает прилично времени.