Не смотря на то, что большинство традиционно предпочитает Мегуй, полагаю, что никаких перимуществ при его использовании перед Media Coder вы не получите, поскольку сама программа Media Coder - именно от одного из разработчиков х264 и х265 и всё, что только возможно, в ней присутствует (в том числе - визуальный предпросмотр кадра)
Практические рекомендации по настройкам программы, кодека х264 и кропингу видео можно получить по следующим ссылкам:
http://forum.kinozal.tv/showthread.php?t=228154
http://forum.kinozal.tv/showthread.php?t=223591
http://forum.kinozal.tv/showthread.php?t=228707
ЗЫ Другой вопрос, что, когда началась доводка х265, поддержка х264 в Media Coder была практически заброшена - все бросились кодировать и тестировать HEVC, который на настоящий момент всё ещё неактуален, на мой взгляд. Если вас эта информация заинтересовала, напишите мне в личку, лучше на трекере - я дам вам ссылку на последнюю, наиболее актуальную версию программы для кодирования в х264 (только х64 версия...)