всё современные конвертеры аудио проделывают эту процедуру в уме... то есть сначала в wave а потом в целевой формат. Проделай вот что:
ape => wave-1
ape => wave => flac = wave-2
ape => flac => wave-3
и сравни файлы. Они должны быть идентичны!
Как сравнить два файла? Сравнение файлов в Total Commander и WinMerge.
Как проверить контрольную сумму файла?
mp3 сидишки выпускались... но сейчас уже вряд ли.