Исключительно для продвинутых пользователей
Я с этим боролся так:
1. C помощью хорошего процесс-вьюера, позволяющего контроллировать не только процессы, но и их треды (например,
Process Hacker) откывал свойства uTorrent.exe (дабл-клик по имени)
2. Открывал закладку Threads
3. Находил тред с самым низким приоритетом (Idle)
4. Правым кликом открывал его свойства и ставил в I/O Priority значение High вместо Very Low и в Priority - значение Normal вместо Idle.
И помогало, но только до следующего перезапуска клиента, естесственно.