Если видео в формате AVI используйте программу
VirtualDub MPEG - бесплатная и простая. Отрезаете 1-ю часть видео до рекламы и 2-ю часть видео после рекламы и до конца фильма и сохраняете их без перекодирования. Потом сшиваете их воедино добавлением в программу и сохраняете без перекодирования - чтобы не изменять характеристики. Процесс сохранения займет максимум 10 минут.
https://www.videohelp.com/software/Virtualdub-MPEG2
Если реклам несколько - частей будет больше, принцип тот же.
Если видео в формате MPG тогда этой программой Wombile MPEG Video Wizard DVD
тут поищите
https://www.videohelp.com/software
Забыл добавить. AVI в VirtualDub да и вообще нужно резать по ключевым кадрам K-frame. Программа позволяет перемещаться по ключевым кадрам и выбрать нужный.