Если без мало-мальского знания и не включая голову это делать, то все может быть. SmartRipper безо всяких проблем объединит вобы.
Как альтернатива для создания своеобразного DVD-ремукса - разобрать на потоки в PGSDemux и потом собрать нужные в том же mkvmerge. Естественно, отслеживая delay Audio и выставляя нужный в опциях аудиодорожки в mkvmerge.
Ну и само собой, не забывая выставить нужный флаг анаморфа.