На вкладке "Файлы" каждому файлу можно задать место расположения и имя.
Это вряд ли. uTorrent работает не с дисками напрямую, а с файловой системой ОС. Что ему предоставляет ФС - с тем и работает. Вот насчёт частей ("pieces") - здесь могут быть нюансы, если руки у разработчиков кривоваты.
Один раз при проверке "прогнать винт туда-сюда" - или скачать лишний кусок файла (возможно, испортив при этом файл, раздающийся на другой ресурс)? Или, возможно, пытаться раздать фейковые файлы (при внешней схожести, но при реальном несовпадении)?