Я так понял, что Вы муксили, а не извлекали. Версия очень старая. Зайдите
сюда, кликните releases и скачайте версию поновее. Самые последние скачивать не стоит, там пошли заморочки с интерфейсом. Я пользуюсь 6.3.0.0, пока хватает.
P.S. Сейчас ещё раз прочитал Ваш пост и всё-таки не понял, какова была Ваша цель: смуксить файл без одной дорожки или извлечь дорожку?