Это зависит от Ваших привычек...
У меня настроено (и клиент и браузер) на скачивание торрент файла в нужные мне папки, а уже потом запускаю скачанный торрент файл с сохранением скачиваемого материала в нужной мне папке, не перемещая его (ни материал, ни торрент файл) потом.
Другими словами, браузер спрашивает куда положить торрент файл, а клиент спрашивает куда положить скачиваемый материал.
Хотите, настроим так-же, хотите по другому - скажите как надо.
ПыСы. У Вас клиент установлен в систему или используете Portable версию?
Обновление отключено?