Здравствуйте.
Что означает "девственно чист"?
Настройки клиента и торренты из списка заданий в клиенте хранятся по пути:
C:Users<Имя пользователя>appdataroaminguTorrent
Проверьте, не очищалась ли эта папка. Возможно, используете какие-либо "чистилки" навроде Advanced SystemCare, которые очищают временные файлы и трут папку с конфигами клиента.
Крайне не рекомендую использовать подобный софт, особенно в автоматическом режиме, и особенно, если не понимаете для чего сей софт нужен и что он способен сделать.