Вы часто встречали случаи, когда нужно перетягивать не PAL->NTSC и наоборот, что делается в eac3to командами
slowdown и
speedup?
Либо в/из 24 fps (
changeto)?
Обычно идет при необходимости стандартное перетягивание, потом подгонка по участкам в редакторе.
Редкие совсем уж нестандартные, да, делаются в редакторе, но также поканально.
mkvmerge, как я понял, вставляет команду, с какой скоростью относительно видеодорожки проигрывать аудио. Все ли плееры будут адекватно воспринимать такую команду? Сомневаюсь.