Мда, это крайне странно. Возможно, что-то сделано неправильно.
Образ должен создаваться со всем содержимым диска - т.е. точная копия того, что видно при просмотре содержимого вставленного в привод оригинального диска, а не что-то выборочно.
Попробуйте создать образ другим ПО, используя для создания iso'шки источником не выбор каталогов (папок), а чтобы источником служил именно диск, вставленный в привод.
Описано
здесь, пункт #3 "Создание образов".