Таааак.... А Вы не перебрали с количеством разрешенных клиентом и запущенных раздач?
Посмотрите во вкладке Очередность, сколько у Вас разрешено активных и сколько их на самом деле в клиенте. Если в клиенте больше, торрент начнет гадить. Чтоб именно так, вижу впервые, но как вариант, почему бы и нет.
Короче, надо привести все в соответствие с параметрами. Либо в клиенте побольше циферку, либо часть запущенных раздач на стоп.