Если это сериал и все потоки в файлах идентичны, то можно написать простой батник с командной строкой mkvmerge - удалит автоматом.
1) Флаг анаморфа выставляется, если выделите поток видео, перейдете на вкладку
Параметры, специфичные для формата и выставите нужное
Отношение сторон (например, 16/9)
3) Размер кадра без перекодирования изменить нельзя. Картинка масштабируется средствами плеера. Медиаплееры TV ограничены в этом плане. Поэтому такие фильмы удобнее смотреть, транслируя с компа (или более продвинутого медиаплеера) по HDMI.