Загляните в настройки перед тем, как пересобираете контейнер, если то, что выделено, у Вас без галочки, значит проблема в этом. Галка должна быть
В последних версиях MKVmerge 6.0... вообще этой проблемы с
Header Stripping уже не существует
http://www.fosshub.com/download/mkvt...icode-6.6.0.7z