Проблема в настройках кодека при кодировании или версии кодека (ничего другого в голову по увиденному не приходит).
А с DivX'овскими рипами есть проблемы? Когда-то Samsung официально не поддерживал XviD, приходилось вымудряться с настройками.
И ещё попрос - проблемные файлы одинаково плохо воспроизводятся с флешки и с диска или только с флешки?