С приоритетами отдельных частей торрента я не игрался никогда - без надобности было.
В предыдущих версиях клиента такой проблемы не возникало?
Согласно мануалу, эта опция работает только на отдачу и только при включенных глобальных ограничениях (что, впрочем, логично, иначе как распределять полосу пропускания, если её ширина неизвестна?):
Выставьте глобальные ограничения и проверьте, включен ли в настройках uTP.