Вот именно, что "как правило". Я, к примеру, вообще не храню торрент-файлы, они есть только как задания в клиенте. И если Вы удаляете задание из клиента, запущенное с торрент файла, который добавлен ручками в клиент (скачали .торрент, кинули на десктоп и оттуда даблкликом запустили задание, при этом галка в настройках о сохранении торрентов в отдельной папке по умолчанию отключена), то задание удалится, а сам .торрент - нет.