А если попробовать тупо сменить клиента? 
Скажем, что нибудь из проверенных, безглюкавых версий, корректно работающих со всеми трекерами, типа, 2.21? 
Разные версии весьма по разному работают. 
Utorrent 2.2.1.rar (выставил только 
net.utp_receive_target_delay: 600 и 
net.utp_target_delay: 600. Остальное по умолчанию)
        
  Это красиво звучит в теории, а на практике - масло масляное. Хоть на три или четыре.
Удобно только для реанимации системы.
Вот если бы было два физических... Тут можно было бы хоть файл подкачки перенести и разгрузить основной винт.