Возможно эта предпочтительнее. Мне главное найти различие среди одинаковых файлов, каталогах - все изменения, что добавлено, что удалено или отредактировано. А уже среди них, более детально сравнивать файлы и пр. это уже отработано хорошо.
Только не понял что это мержирование?