Хех... есть в этой программке один баг, который заметили и разобрали на форуме Винни. При установке аудио - copy , прога сбивает настройки выходящего размера. Винни обещал поправить, но когда... ХЗ!
Сделайте так - вытащите оригинальную дорожку, кодируйте видео и аудио так, что бы на звук кодировался с теми же настройками, как он сам и есть, а потом в контейнере замените эту дорожку на оригинальную... Должны попасть в размер.