На самом деле просто. Но, пакетную обработку делать нужно когда одинаковые обработки нескольких файлов делать необходимо.
Для этого открываем один файл - желательно первый в списке. Самих файлов разместить в один пустой каталог. В первом файле настраиваем все параметры, далее жмем F4. Там в "Правка" - "Обрабатывать папку" указываем на тот каталог и далее указываем куда складывать.
Стартуем "вставляя" галочку на "Автопуск" - любуемся...
Есть и др. варианты, но, так проще.
А когда разные файлы по разному обрабатываете, это вроде не пакетная уже. Да и легче обычным путем, раз их по разному настраивать.
Есть еще много всяких хитростей в программе.
Например, если Вам регулярно приходиться обрабатывать разные файлы, но в основном одинаковыми параметрами, настройками. Можно настроить на одном файле и Сохранить параметры обработки или Ctrl+S. И если в следующий раз с такими же настройками нужно, то просто Загрузить параметры обработки или Ctrl+L.
Таким образом можно сохранять разные варианты и загружать когда нужно. Только называйте файлы так, чтобы было понятно что к чему.