Значительная часть программ "привязывается" при установке к реестру и использует его для хранения разнообразных параметров. Файлы реестра хранятся на системном диске (C:), и поэтому после переустановки операционки все эти програмы тоже должны быть переустановлены (популярные торрент-клиенты к таким, кстати, не относятся).