То, что части лежат на разных дисках в данном случае значения не имеет - просто сборка займет больше времени. А вот сообщение о том, что слишком много фреймов - ключевое. Звук по раскадровке не подходит к картинке. Дело в том, что звук вставляется в файл не постоянно, как выглядит в аудио редакторе, а кадрами (фреймами), причем частота звуковых фреймов не равна частоте видеокадров. Для PAL, по моему, частота звуковых фреймов 31,5 фрейм/сек. Видимо проблема в вашем звуковом файле.