Ну вообще-то те файлы, которые Вы скачали с трекера после запуска задания в клиенте, можете удалять - μTorrent их все-равно копирует в свою папку и работает уже с ними Ваши файлы ему уже не нужны Но на случай, если Вас попросят вернуться на раздачу их лучше хранить, чтобы не искать в тысячах файлов в папке μTorrent