Скачали вы, допустим, какой-нибудь файлик, щелкнули по нему - он вам понравился, решили оставить. Перенесли его в нужную папочку, или, если не понравился, выбросили. А запись в реестре осталась - ну не умеет винда сама чистить реестр, не научили. И такого мусора скапливается не меряно. А потом, когда вы запускаете нужную программу, винда копается в этом распухшем реестре, чтобы найти нужные для программы записи. Вот вам и задержка. Так что почистить реестр, это не фетиш, а жизненная необходимость. Другое дело, как часто это делать. Полагаю, раз в месяц можно провести генеральную уборку компа.