Извините, чтобы понять что у Вас твориться, надо бы изложить подробнее. Что значить разделение?
Вы их разделяете на звук и видео, скорее наверно разрезаете?
Для этого сохраняете 2 раза, начало и продолжение файла?
Не, не могу даже гадать. Начал писать и сам себе противоречу.
Напишите что Вы конкретно делаете и какие характеристики у Вашего файла и какие после того как их разделяете.
То что у Вас получается. можно по разному получить.
Характеристики файла можно посмотреть в Видеоинспкторе, Медиаинфо (VideoInspector, MediaInfo), вот и напишите что они Вам показывают.