По поводу Максимального количества соединений: если у Вас XP или Vista без SP2, то для начала нужно
убрать лимит полуоткрытых соединений и увеличить net.max_halfopen в дополнительных настройках. Да и после этого 2000 - для очень хорошего канала число. Поробуйте поуменьшать.
На работающей загрузке - сколько пиров активно подключено? Может, слишком много и они съедают весь ресурс? Попробуйте ограничить Максимум присоединённых пиров на один торрент где-нибудь до 20.