После переустановки программы все скачанные фильмы останутся, так что сможете продолжать их раздавать.
Только перед переустановкой сохраните содержимое папки:
в XP - C:\Documents and Settings\<Имя пользователя>\Application Data\uTorrent,
а в Vista и W7 - C:\Users\<Имя пользователя>\appdata\roaming\uTorrent
а после переустановки - верните его на место.