Я правильно понимаю, что новые файлы Вы будете хранить и раздавать с нового диска, а старые со старого?
Если так, то никаких проблем. Просто укажите, при скачивании, путь к новой папке, и делайте все, что хочется: заливайте туда, раздавайте из нее же.
Если Вы хотите перетащить старые файлы на новый диск, то тоже нет проблем. Опять же, укажите путь каждой раздачи к файлу на новом диске, после перехеширования, раздача пойдет как по маслу.
Короче, в любом случае, раздача возможна.