Kirima, случайно не появляется сообщение "диск перегружен на ...%" в нижней строке клиента?
Клиент какой?
В принципе, такую картину может также вызвать, например, "перегрузка" маршрутизатора/канала провайдера. Понаблюдайте несколько дней (один день - не показатель), попробуйте временно уменьшить допустимое число соединений в клиенте до 50-100, а полуоткрытых соединений - до 40-50 (если у Вас установлено больше).