VirtualDubMod "режет" по местам смены сцен и угла камер (ключевых Фрам).
Попробуйте для корректной нарезки использовать кнопки
с их помощью Вы можете сыскать места для указания начала и конца видеовайла. Название файлов задавайте разные, чтоб они не имели просто порядковую нумерацию, а отличались корректным именем.