Виртуалдуб - он делался как обыкновенный утилитель, для небольших делишек. Виртуалдубмод - модифицированный вариант, для работы в со звуком. Они не редакторы, но путем усовершенствования, добавления многих фильтров и прочего, из-за простоты работы и т.д. стал довольно широко использоваться для редактирования. В принципе, можно назвать упрощенным редактором.
Чтобы звучали обе дорожки, такого не может наверно ничего. А объединить их можно, наложить друг на друга, если очень хочется.
Только что это дает?
А может Вам не дорожки нужно объединять а, звуки предназначенные разным колонкам? Тоже, мало вероятно. Ну, вольному воля. Ответ Вы уже получили, что же еще хотите.
Когда предмет мало изучен лучше обрисовать свои желания, а как их решить или можно ли вообще, подскажут.