Вы ничего не путаете? Если в фильме две звуковые дорожки (два аудио потока), то одновременно воспроизводится всё равно только одна.
Может вы имели в виду каналы стерео?
Попробуйте сохранить, как WAV, иногда это устраняет эхо. Если получится, то можно этот файл WAV потом перекодировать в MP3, а можно прямо так присоединить (правда размер фильма несколько увеличится).
А если не поможет, тогда наверное нужен серьёзный звуковой редактор и ещё разбираться, возможно ли и как сделать, - я с таким ещё не сталкивался.