Здесь проблем не должно быть. В предыдущем случае, как подсказал вам teleport2222, была частота кадров исходника 29.970 фпс. При работе с такими исходниками лучше всегда делать pulldown до 23.976. Это одна из частых причин сбоя при кодировании на стадии сборки. Виртуалдаб отказывается муксить видео с аудиодорожкой. Конечно лучше всего кодировать без аудио, но при сборке может появится рассинхрон, которого не было в исходнике.

Нет, к сожалению, снова всё не гладко. Хоть бери и бросай это дело.
Теперь сбой еще на first pass.
Лог

Да, рип получился, все хорошо, но... Теперь VirtualDubMod отказывается присоединять к уже этому готовому рипу оригинальную дорожку, доходит до 100 процентов и висит "в обработке".

Единственное что могу ещё предложить, это попробовать конвертировать в однопоточном режиме. Будет чуть меньше скорость. Надо в скрипте перед двумя строками поставить #, это отключит из скрипта данную строку.
Import("C:Program FilesXviD4PSP 5dllsAviSynthfunctionsAudioFunctions.avs")
Import("C:Program FilesXviD4PSP 5dllsAviSynthfunctionsVideoFunctions.avs")
LoadPlugin("C:Program FilesXviD4PSP 5dllsAviSynthpluginsLSMASHSource.dll")
LoadPlugin("C:Program FilesXviD4PSP 5dllsAviSynthpluginsNicAudio.dll")

SetMemoryMax(640)
#SetMTMode(3, 2)

video = LWLibavVideoSource("G:Clown.mkv", stream_index=-1, cache=true, dr=false).AssumeFPS(25.000)
audio = NicAC3Source("G:Temp

mkvmerge все сделал без ошибок. Да, может и попробую сделать так как вы написали. Но хотелось бы причину всего этого выяснить. Ведь раньше всё без этих манипуляций работало. В любом случае спасибо за помощь.

Причину найти сложно. Может дело в ноутбуке. Может оперативка барахлит. Может ось. Может быть попробовать скачать другую версию xvid4psp5. Слишком много этих "может".

Для видео avi лучше оставьте декодер DirectShowSource2 или AVISource. LWLibavVideoSource используется для MKV с прогресивных исходников, но я рекомендую использовать FFmpegSource2, а для интерлейсных DirectShowSource2.