Видимо, те, у кого проблема не возникает, не озадачиваются вопросом, почему у них это так, а у других - не так. (Или, возможно, они просто не замечают проблему у себя. )
Было и у меня когда-то около 2-3 тысяч раздач (в uTorrent 2.0.4), такой проблемы не наблюдал. Сейчас, к сожалению, безвременно ушло несколько винчестеров и по той же причине сменилось 3 компа, условно-свободного времени стало меньше, да и число трекеров у меня поубавилось, так что экспериментировать "в эту сторону" практически нет возможности. Вся надежда - на вас.
Можете попробовать запустить параллельно несколько экземпляров uTorrent (можно разных версий) в "standalone" режиме (т.е., по сути, "portable") и распределить между ними Ваши торренты (разумеется, задав разные порты). Дальше уже можно будет экспериментировать.
Да, ещё: на официальном сайте uTorrent есть форум, можете попробовать задать свой вопрос там.